MTs Negeri Pamotan didirikan ditengah-tengah masyarakat kota Kecamatan yang pola hidupnya masih cenderung pedesaan dan pengamalan nilai-nilai religius. Tepatnya adalah di Kecamatan Pamotan, sebelah selatan Kota Kabupaten Rembang Propinsi Jawa Tengah. Kecamatan Pamotan termasuk wilayah pegunungan kapur utara jawa. Sebagian masyarakat adalah petani, karena cukup denga sumber mata air.

Perkembangan MTs Negeri Pamotan yang mulai didirikan mulai tahun 1991 yang merupakan bentuk kepedulian masyarakat akan pendidikan khususnya adalah pendidikan agama islam, bersama-sama dengan tokoh-tokoh masyarakat pamotan akhirnya didirikanlah sebuah Madrasah yang pada saat itu masih Filial. Dengan perjalanan waktu, Madrasah itu mulai dinegerikan tahun 1996, dan dari tahun-ketahun mengalami perkembangan yang pesat baik dari segi kualitas siswa, kuantitas siswa, sarana dan prasarana serta bangunan fisik.

Pada umunya siswa bekerja membantu orang tua yang mayoritas berekonomi lemah. Pekerjaan orang tua rata-rata buruh tani, kuli bangunan, tenaga kasar dan berpenghasilan rata-rata dibawah UMR, sehingga kurang mampu untuk membiayai pendidikan anak-anaknya ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi.

Dalam rangka mengembangkan dan membentuk watak serta mencerdaskan peserta didik agar menjadi manusia beriman, bertaqwa, berahklak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif dan mandiri diperlukan tindakan nyata dari pelaksana-pelaksana pendidikan. Dalam hal ini Kepala Madrasah mempunyai tanggungjawab yang komplek karena dituntut untuk bisa berfungsi sebagai educator, manager, administrator dan leader yang harus bisa mengelola masalah-masalah pendidikan dengan baik.
Disamping itu, guru, pegawai administrasi dan pesuruh selaku pembantu-pembantu kepala Madrasah sangat menentukan dalam pelaksanaan tugas kesehariannya sesuai dengan bidang masing-masing. Untuk itu diperlukan pembinaan yang terprogram, dan terus menerus dalam pelaksanaan tugas dengan penuh tanggung jawab.